Sendo um estudante de uma universidade federal, posso dizer com toda a certeza que o ensino lá é muito bom. Os professores, em sua maioria, são muito bons (até porque o processo seletivo é rígido).
Nunca estudei em uma particular para poder fazer uma comparação, mas se eu comparar o volume de conteúdos e a cobrança, me baseando em relatos de amigos que estudam ou estudaram em institutos particulares, posso dar outro ponto para as federais.
O ruim é saber que as particulares, em sua maioria, em vez de aproveitarem seus recursos para criar mais conhecimento e preparar melhores profissionais, oferecem cursos "bons o suficiente" para terem um lucro maior. Enquanto isso, as melhores universidades do mundo são particulares.